雌性的灰蓝扁尾海蛇体长通常比雄性的要大一些。成年后的灰蓝扁尾海蛇理想的雄性体长应在87.5cm左右,理想的雌性体长应在142cm左右。
灰蓝扁尾海蛇背部多以蓝色及灰色为主,腹部则以黄色为主,身上满布黑色的横向条纹。唇部呈黄色,头部则主要为黑色。灰蓝扁尾海蛇的腹部扁平宽大,鼻端及吻部同样扁平,吻鳞为单片大鳞;身上有21至25排不规则分布的鳞片。其身体主要呈稍微被压扁的近管状的形状,吻部高翘,前额有一片大鳞片(亦有部分蛇类可能没有这块鳞片)。有一片眶前鳞及两片眶后鳞,7至8片上唇鳞,第三至四片上唇鳞贴近双眼;有五片下唇鳞,接触颏部。腹部有213至245片鳞片,雄蛇有37至47片尾鳞,雌蛇则有29至35片尾鳞。
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