南美蛇颈龟就像该种属内的所有龟种一样,拥有颀长的的脖颈,不能将头缩在壳内,不同的是,南美蛇颈龟的颈部并没有棘突,所以看上去很平滑,背甲凹凸不平,像一块岩石。
南美蛇颈龟的龟壳背壳有强壮的龙骨,头部颜色黄黑相交,附近有黑或黄色斑点,颈部比其他种类的乌龟略长,尾巴呈现细长形状。南美蛇颈龟的外观形态与普通蛇颈龟差不多。一般雌性个体要大于雄性个体,最大可达40厘米。根据现代科学家研究发现,蛇颈龟是现存最古老的爬行动物。南美蛇颈龟的主要特征为身上长有非常坚固的甲壳,受袭击时龟可以把头、尾及四肢缩回龟壳内,拥有长颈和粗糙不平的龟壳,尤其是年幼的品种。
南美蛇颈龟大多数龟的颈盾极小,位于第一枚和第二枚缘盾之间,但钉颈龟却与众不同,它的颈盾较大,位于第一和第二枚缘盾的后部,第一枚椎盾的前部。其头颈部明亮的色彩和变化多端的条纹。雌龟比雄龟大。雄龟腹甲中央凹陷,肛盾缺刻较深,尾长,泄殖腔孔距背甲较远;雌龟腹甲平坦。
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