黑颈乌龟最大的特点就是黑,这是一种并不止颈部是黑色的龟,成体的黑颈乌龟通体都是黑色,与性成熟后的公草龟相似,不同的是黑颈乌龟无论公母,都是黑色。
黑颈乌龟体型较大,背甲通常长12~25cm,宽11~19cm。背甲长椭圆形且平扁,具一明显的纵行脊棱,无侧棱。成龟背甲一般棕褐色或黑褐色(幼龟背甲略呈黑褐色),有些个体每一盾片的中央部色较浅淡。成体腹甲黑色,幼体腹甲棕黄色,每块盾片边缘均有不规则的棕褐色斑纹。甲桥部棕褐、黑褐或棕灰色,与腹甲颜色明显不同。
头部大且宽,吻钝,吻略突出于上喙,向内下侧斜切。下鄂左右齿骨联合交角大于或等于90度。头部黑色,侧面有黄绿色条纹(幼体头部侧面或颈部为橘红色)。四肢黑色无条纹,指、趾间具蹼。尾黑色且短。雌龟体型较大,尾较短,泄殖腔孔距背甲后部边缘较近。雄龟体型较小,尾根部粗且较长,泄殖腔孔距背甲后部边缘较远。
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